日本由于國土狹小，人均可耕種土地很少，加上歷史原因，屬于葡萄酒生產企業的葡萄園面積很少，葡萄酒生產企業大都從葡萄農戶手中收購葡萄原料，盡管如此，日本國內的葡萄酒生產原料供應還是嚴重不足，至今每年仍從國外進口較大數量的原酒供國內企業生產。
葡萄品種
山葡萄及其改良品種：日本本土原生的山葡萄品種有16種之多， 由于這些原生的山葡萄品種酸度高含糖量低，因此目前已很少被日本葡萄酒生產企業用于生產葡萄酒，而在北海道地區還有相當一部分企業在使用本地原生山葡萄與國外釀酒葡萄、本土鮮食葡萄嫁接改良的葡萄品種來生產中、低端葡萄酒。
白葡萄品種：在日本廣泛栽培的釀酒白葡萄品種有甲州、霞多麗、賽美容、長相思、雷司令、瓊瑤漿、白比諾、科納(Kerner)、尼亞加拉(Niagara)等。
甲州葡萄：這是在日本最有名的也是栽種最多的一個本土白葡萄品種。甲州葡萄皮色粉紅，易于日本本州地區栽培，既可以鮮食又可以釀酒。盡管甲州葡萄不屬于優質釀酒品種，但它畢竟是日本有可能釀出好酒的日本本土原生釀酒葡萄品種，因此經過日本葡萄酒界的多年不懈努力和日本農業科技研究人員的大力配合，通過改良釀造工藝和設備等手段，終于用甲州葡萄釀出了使國內外葡萄酒界認可的高品質白葡萄酒。
紅葡萄品種：在日本廣泛栽培的葡萄品種有美樂、赤霞珠、黑比諾、西拉、茲威格(Zweigelt)、特羅靈格(Trollinger )和日本培育的Muscat Bailey-A等。
Muscat Bailey-A (マスカットべリーa )：這是一個紅葡萄品種，是由日本的川上善兵衛(1868-1944年)引種到日本新瀉縣的。川上的目標是選育一個適應日本的氣候的葡萄品種。他雜交“Bailey/ベーリ”葡萄與“玫瑰香”葡萄得到了Muscat Bailey-A ，后來這個品種被廣泛的在日本栽培。此外，川上還開發“黑皇后(ブラッククイーン)葡萄。近年來，Muscat Bailey-A葡萄還采取晚收風干的辦法釀造甜型葡萄酒。Muscat Bailey-A還與歐系品種混釀，生產出具備波爾多、勃艮第風格的葡萄酒。
在日本有“日本釀酒廠協會”但沒有全國范圍內的葡萄酒相關法律，不論本國釀酒廠使用哪國的原酒或什么品種的葡萄，統統被標記為“日本酒”。正因如此，有一些日本市面銷售的“日本產葡萄酒”實際上是使用了進口原酒。
但是，目前日本有些地區也采用了類似法國的AOC制度和美國的(AVA)的“原產地標記”。長野縣使用“稱謂的管理制度”，山梨縣，甲府市是采用“葡萄酒域的原產地認證規例”，而目前日本許多酒廠在酒標上標明“100%使用日本產葡萄原料釀制”以表明其純國產的身份。
